Работу по координации научной деятельности в университете осуществляет Управление по научной работе. Кроме того, в университете созданы научные и научно-методические советы по отдельным направлениям.

Редакционно-издательский совет РГГУ осуществляет контроль за обеспечением высокого качества издаваемой литературы, содействия руководству РГГУ в управлении редакционно-издательской деятельностью, ее развитии и совершенствовании.

Одной из основных задач Научно-экспертного совета является анализ общей направленности научной, научно-образовательной деятельности РГГУ, определение ее стратегии, возможных результатов и перспектив.

Совет по когнитивным наукам был создан с целью повышения эффективности научно-исследовательской и научно-образовательной деятельности РГГУ в области когнитивных программ и технологий и развития сотрудничества в международной сфере.

Деятельность Совета молодых ученых РГГУ направлена на профессиональный и административный рост молодых ученых, объединение их усилий для разработки актуальных научных проблем и привлечение к работе и закрепление в университете талантливой молодежи.